Et nyt genotype-vævsekspressionsatlas for kvæg afslører genetiske varianter.
Baseret på en analyse af 7.180 offentlige RNA-sekventeringsprøver har forskere fra Aarhus Universitet, Center for Quantitative Genetics and Genomics (QGG) i samarbejde med andre forskere lavet et såkaldt genotype-vævsekspressionsatlas for kvæg (CattleGTEx). Det oplyser de på deres hjemmeside.
Analysen af de mange prøver afslørede genetiske varianter, der regulerer transkriptomet på tværs af 23 entydige kvægvæv.
Systematisk kortlægning af det regulatoriske landskab af husdyrs transkriptom er ifølge forskerne afgørende for fortolkning af de molekylære mekanismer, der ligger til grund for komplekse træk.
De fremhæver desuden, at undersøgelsen vil give indsigt i såkaldt adaptiv evolution og domesticering samt optimering af genetiske forbedringsprogrammer i husdyr.
Ingen tidligere undersøgelser er ifølge Aarhus Universitet kendt for systematisk at have identificeret og karakteriseret de regulatoriske varianter af transkriptomet på tværs af en bred vifte af væv i nogen husdyrarter, da det ville være for dyrt og tidskrævende.
Yderligere forbedringer
Aarhus Universitet oplyser, at forskningsresultatet kort fortalt har leveret et omfattende katalog over genetiske, regulatoriske varianter hos kvæg.
En af hovedkræfterne bag studiet er forsker Lingzhao Fang fra QGG på Aarhus Universitet.
- Vores arbejde repræsenterer en trinvis ændring, ikke kun i forståelsen af det regulatoriske landskab for kvæg, men også i det nuværende økosystem af dyre- og plantegenomik, uddyber han om de fremtidige muligheder for atlasset og fortsætter:
- Selvom vi har givet et omfattende overblik over den genetiske regulering af transkriptomer i kvæg, er vi opmærksomme på, at denne ressource kan forbedres yderligere med hensyn til prøvestørrelse, væv/celletyper og biologiske sammenhænge.
Han fortæller videre, at der i FarmGTEx-konsortiet ligeledes arbejdes med andre landbrugsdyr, herunder grise, kyllinger, geder, får og ænder.
- Vi håber, at flere kolleger verden over kan deltage i FarmGTEx-projektet, så vi kan udvikle denne værdifulde ressource sammen. Jeg tror på, at den videre udvikling af FarmGTEx vil bidrage væsentligt til grundlæggende biologiske opdagelser, dyreavlsindustrien og human biomedicin, siger Lingzhao Fang.
Vigtig forskning
Forskningsresultatet er blevet udvalgt til forsiden af septemberudgaven af det anerkendte videnskabelige tidsskrift Nature Genetics.
- Denne undersøgelse er et imponerende eksempel på, hvordan kompilering af en bred vifte af offentliggjorte data, efterfulgt af ensartet bearbejdning og integrativ analyse, kan udgøre en værdifuld ressource for kvæggenomikken og avlssamfundene og vil forhåbentlig føre til forbedringer i agronomiske egenskaber for dette vigtige og bredt opdrættede husdyr, udtaler seniorredaktør ved Nature Genetics, Michael Fletcher.
Aarhus Universitet lægger vægt på, at CattleGTEx-atlasset vil være en værdifuld ressource for kvæggenomisk prædiktion og redigering, for tilpasning, og desuden for veterinærmedicin og kortlægningsundersøgelser på tværs af arter.
Genomisk test giver bedre udbytte